|
|
Komparativní strukturní analýza povrchových virulentních faktorů Borreliella spp. se zaměřením na konzervovanost topologie jejich povrchu
Zdrha, Alois ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Nunvář, Jaroslav (oponent)
Gram-negativnı́ bakterie rodu Borreliella jsou původcem dnes rozšiřujı́cı́ho se one- mocněnı́ lymeské borreliózy. Jejich zařazenı́ mezi gram-negativnı́ bakterie je ale zavádějı́cı́, jelikož se od nich značně odlišujı́ svým komplexnı́m genomem, patogennı́mi adaptacemi na hostitele a složenı́m své povrchové membrány. Jeden druh borreliell může obsahovat vedle jednoho konzervovaného chromozomu až 23 variabilnı́ch plasmidů. I přesto borre- liellám scházı́ mnoho důležitých proteinů pro syntézu klı́čových sloučenin, a proto musı́ tyto sloučeniny zı́skávat od hostitele. Aby borreliella mohla využı́vat metabolické procesy hostitele ke své reprodukci, musı́ nejdřı́ve hostitele infikovat a následně i přežı́t jeho imunitnı́ obranu. K tomu jı́ sloužı́ virulentnı́ faktory, mezi které patřı́ zejména značně variabilnı́ povrchové lipoproteiny. Právě variabilita těchto lipoproteinů ztěžuje využitı́ povrchových epitopů při detekci a následně i přı́padné protilátkové terapii, protože většina dominantnı́ch antigennı́ch epitopů borreliell se nacházı́ ve variabilnı́ch částech zmı́něných lipoproteinů. K určenı́ vhodných cı́lů pro protilátky dnes můžeme využı́t algoritmy, které sta- novı́ evolučně konzervované epitopy na základě...
|
|
|
Strukturně- a sekvenčně-závislá identifikace funkčně významných aminokyselin v proteinové rodině.
Peclinovská, Iveta ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Pleskot, Roman (oponent)
Skupina malých GTPáz tvoří přes dvacet proteinových rodin v super třídě P-loop a má v buňce velmi rozličné funkce. Malé GTPázy regulují tvorbu vezikulárních váčků, cytoskelet a jaderný transport. Podílejí se též na buněčné proliferaci a signalizaci. Cílem mé práce je nalézt významné aminokyseliny, které rodiny definují a navzájem od sebe odlišují. Zaměřuji se na rodiny Arf, Rab, Ran, Ras a Rho. U rodiny Rho se dále věnuji třídám Rho, Rac a Cdc42. Aminokyseliny budou identifikovány za pomoci vybraných bioinformatických programů Consurf a Sca5. Cílem je také otestovat specializovaný nástroj P2RANK vyvinutý na MFF UK Praha, který predikuje vazebná místa pro ligandy v jednotlivých rodinách. Nalezené aminokyseliny mohou mít velkou úlohu ve funkční divergenci jednotlivých rodin a tříd malých GTPáz a mohou být základem pro další studii věnující se např. rakovinnému bujení v buňkách. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Existují sekvenční determinanty funkční divergence GTPáz?
Kraus, Ondřej ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Potocký, Martin (oponent)
Malé GTPázy jsou významné proteiny ovlivňující řadu buněčných dějů. Ve své práci se zabývám porovnáním pěti nejvýznamnějších proteinových rodin malých GTPáz - Arf, Rab, Ran, Ras a Rho, abych identifikoval aminokyseliny zodpovědné za velkou funkční rozdílnost jednotlivých rodin. K jejich vzájemnému porovnání jsem využil strukturní data z databáze PDB a sekvence z databáze UniProt. Pomocí programu ConSurf a programu Sca5 jsem objevil dříve nepopsané skupiny aminokyselin specifických pro jednotlivé rodiny malých GTPáz. Na příkladu malých GTPáz jsem také provedl pilotní studii použitelnosti B-faktorů jako indikátorů síly vazby v proteinové struktuře. První výsledky nejsou zcela průkazné, ale ani použitelnost B-faktorů jako indikátorů síly vazby nevylučují. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.